Pierwszym dowódcą Sił Obronnych Izraela został Ja’akow Dori.
Siły zbrojne były tworzone w bardzo trudnych warunkach wojny o niepodległość, którą Izrael prowadził ze swoimi arabskimi sąsiadami. Organizację dowództwa i strukturę podziału na korpusy powielono ze struktury organizacyjnej Hagany. Podczas tej wojny wystawiono dwanaście brygad piechoty i pancernych. Po wojnie część brygad przekształcono w jednostki rezerwowe, a inne zostały rozwiązane. W następnych latach izraelscy żołnierze prowadzili trudne walki z arabskimi fedainami, którzy napadali na Izrael z terytorium Jordanii i Egiptu. W ten sposób izraelskie siły zbrojne zdobywały doświadczenie w prowadzeniu wojny partyzanckiej. Pierwszym poważnym testem dla Sił Obronnych Izraela był kryzys sueski w 1956, podczas którego izraelskie brygady zmechanizowane szybkim taktycznym manewrem zajęły półwysep Synaj. Po wstrzymaniu walk Izrael wycofał swoje wojska z Synaju. Podczas wojny sześciodniowej w 1967 izraelska armia zajęła półwysep Synaj, Strefę Gazy, Zachodni Brzeg, Wschodnią Jerozolimę i Wzgórza Golan. Wojna ta całkowicie zmieniła równowagę sił w regionie, ukazując Siły Obronne Izraela jako najsilniejszą armię Bliskiego Wschodu.