Po odejściu Lecha Kaczyńskiego z NIK w 1995 przesunięto ją do pracy w lubelskiej delegaturze Izby.

Działalność polityczna W latach 2000–2001 współpracowała z Lechem Kaczyńskim pełniącym wówczas funkcję ministra sprawiedliwości na stanowisku szefa jego gabinetu politycznego. W wyborach parlamentarnych w 2001 została wybrana do Sejmu V kadencji z listy Prawa i Sprawiedliwości w okręgu lubelskim. Ponownie uzyskała mandat poselski w wyborach w 2005. Należy do założycieli PiS, była przewodniczącą lubelskich struktur tej partii.

31 stycznia 2006 została powołana przez Lecha Kaczyńskiego w skład Krajowej Rady Radiofonii i Telewizji, a 6 lutego na stanowisko przewodniczącej rady, w związku z czym zrzekła się mandatu poselskiego. 23 marca Trybunał Konstytucyjny orzekł, że przepis nowelizacji tzw. ustawy medialnej przewidujący powoływanie przewodniczącego KRRiT przez prezydenta jest niezgodny z Konstytucją RP. 30 marca opublikowano wyrok TK w Dzienniku Ustaw, wobec czego Elżbieta Kruk przestała pełnić tę funkcję. 17 maja KRRiT na podstawie znowelizowanej ustawy medialnej ponownie wybrała ją na to stanowisko.