Zauroczony miejscem objawień i tworzącą się tam wspólnotą zakonną miał stwierdzić, że „ja tu jeszcze powrócę”.

Życie zakonne i kapłaństwo Równo rok po tej pielgrzymce, 14 sierpnia 1862 roku rozpoczął nowicjat w Zgromadzeniu Misjonarzy Saletynów, a 20 września tego samego roku przyjął święcenia kapłańskie. Liczne choroby spowodowały, że nowicjat został mu wydłużony na okres trzech lat. Tak więc pierwszą profesję zakonną złożył 8 września 1865 roku. W swoich notatkach z rekolekcji przed ślubami napisał: „Nieustanna modlitwa byłaby dla mnie zbawieniem”.

Jan Berthier zachwycony orędziem Matki Boskiej Saletyńskiej, pomimo słabego zdrowia, spędził prawie 40 lat na La Salette. Tam służył pielgrzymom, pisał kronikę i wydawał publikacje na temat objawień Matki Bożej. W kapłaństwie wykazał niezwykłą aktywność duszpasterską głosząc misje przez ponad 30 lat w 16 różnych diecezjach, wygłaszając rekolekcje dla księży, seminarzystów, zakonników i zakonnic oraz dla świeckich.

Przełożeni, poznając jego talent wychowawczy, obdarzyli go stanowiskiem dyrektora szkoły apostolskiej na La Salette w latach 1876–1894.