Oficjalnie prowadzony przez Jaksę-Bykowskiego szlachecki teatr został zalegalizowany przez zaborcze władze rosyjskie dopiero w 1859.
Mimo sympatyzowania ze Stronnictwem czerwonych i prawdopodobnie związków z podziemiem niepodległościowym reprezentowanym przez Stefana Bobrowskiego Piotr Jaksa-Bykowski nie wziął bezpośrednio udziału w powstaniu styczniowym na Podolu, bowiem zdawał sobie sprawę, że nie ma ono na tym obszarze większych szans powodzenia, głównie ze względu na brak do niego przychylności ludności ukraińskiej.
Po upadku powstania styczniowego zarówno na Kamieniec Podolski, jak i inne miasta spadły rosyjskie represje. Wszelkie polskie instytucje i organizacje zostały zlikwidowane, język polski w oficjalnym obiegu zniesiony, a polska inteligencja tysiącami była zsyłana na Syberię. W tym czasie Piotr Jaksa-Bykowski opuścił Kamieniec i przybył jeszcze w 1863 do Warszawy.
W Warszawie Jaksa-Bykowski pracował w Izbie Rozliczeniowej. W okresie warszawskim powstało najwięcej jego dzieł literackich i historycznych, opisujących przede wszystkim staropolska kulturę szlachecką ludności Prawobrzeżnej Ukrainy i Podola.
Twórczość Piotr Jaksa-Bykowski jest autorem około 20 powieści, blisko 100 opowiadań, nowel i szkiców, a także ok. 10 prac historycznych.