występowania stosunkowo krótkich i szerokich kości dłoni, przedramienia i ramiennej oraz występowania zgrubienia (pachyostozy) kości kończyn, kręgów i gastraliów, co prawdopodobnie było przystosowaniem do wodnego trybu życia. Gao i Ksepka (2008) zwrócili uwagę, że budową szkieletu pozaczaszkowego Shokawa bardzo przypomina chiński rodzaj Hyphalosaurus; ponieważ jednak znane są tylko nieliczne kości czaszki S. ikoi, niemożliwe są porównania czaszek przedstawicieli rodzajów Shokawa i Hyphalosaurus – stąd autorzy do czasu odkrycia większej liczby skamieniałości S. ikoi woleli pozostawić ten gatunek w odrębnym rodzaju.
Z analizy kladystycznej przeprowadzonej przez autorów opisu Shokawa wynika, że jego taksonem siostrzanym był późnotriasowy Pachystropheus; jednak sami autorzy uznali taką jego pozycję filogenetyczną za niepewną. Według analizy kladystycznej przeprowadzonej przez Evans i Klembarę (2005) Shokawa był w nierozwikłanej politomii z rodzajami Pachystropheus i Monjurosuchus oraz z grupą Neochoristodera lub z kladem obejmującym Neochoristodera i rodzaj Lazarussuchus. Wreszcie z analizy Matsumoto i współpracowników (2009) wynika bliskie pokrewieństwo Shokawa z rodzajami Hyphalosaurus i Khurendukhosaurus (choć nie jest pewne, który z tych dwóch rodzajów był siostrzany do Shokawa).