We wrześniu 1939 roku powołany do wojska podchorąży rezerwy, wziął udział w walkach w składzie oddziałów Armii Karpaty. Po jej rozbiciu ukrywał się w okolicach Szczawy. Na początku 1940 roku współorganizował, i przejściowo dowodził, pod pseudonimem „Smrek” (z Władysławem Szczypką „Lechem” i Stanisławem Ziębą „Rysiem”), placówką ruchu oporu „Mnich”, włączoną następnie do Związku Walki Zbrojnej i Armii Krajowej. W 1942 roku Władysław Szczypka i Jan Stachura tworzą własne oddziały partyzanckie: „Wilk” i „Mszyca”, działające na terenie Gorców.
W pierwszych miesiącach 1943 roku doszło do połączenia się oddziałów „Lecha” i „Smreka”, do których wkrótce dołączył ze swą grupą Józef Kuraś „Ogień”. Dowódcą połączonego oddziału „Wilk”, został porucznik Władysław Szczypka, jego zastępcą Jan Stachura. Był to pierwszy duży oddział partyzancki Armii Krajowej działający w rejonie Turbacza, podlegający nowosądeckiemu Inspektoratowi AK. Jesienią 1943 roku w wypadku z bronią śmierć poniósł porucznik „Lech” i dowódcą „Wilka” został Jan Stachura. W tym samym czasie aresztowano jego rodziców oraz siostry i osadzono w obozie w Płaszowie.