Prawdopodobnie przez całe życie przewodził swojej wspólnocie.
W 1693 Jakob, wystąpiwszy przeciw innym liderom szwajcarskich mennonitów (Hansowi Reistowi i Benediktowi Schneiderowi), odszedł z alzackiego związku menonickiego, oskarżając go o brak dyscypliny moralnej. Ammann domagał się żelaznego przestrzegania nakazu odrzucenia (meidung) ochrzczonych odstępców ze wspólnoty.
Jego przekonania pozostawały pod znacznym wpływem praktyk mennonitów niderlandzkich – na przykład wprowadził niepraktykowane przez swych szwajcarskich współbraci mycie nóg przed przystąpieniem do komunii. Zwiększył także częstotliwość przystępowania do komunii do dwóch rocznie.
Później zaczął żałować swego kroku i czynił starania o powrót swej wspólnoty na łono kościoła menonickiego. Zaoferował nawet, że on sam podda się wykluczeniu, jeśli tylko pozostali członkowie gminy zostaną przyjęci. Jednak ze względu na żelazne przestrzeganie meidung jego wspólnota nigdy nie powróciła do szwajcarskich mennonitów.
Zmarł między 1708 a 1730 – metryka chrztu jego córki z 1730 w Erlenbach mówi, że zmarł krótko przedtem.