Wyspa leży w strefie klimatu równikowego, jednak opady są tam niewielkie ze względu na słabe oddziaływanie pasatów. Temperatury typowe dla klimatu równikowego, ze średnią roczną 24 °C. Różnice w skali rocznej są niewielkie. Wyspa cechuje się dużym nasłonecznieniem.
Całkowity brak sieci rzecznej, na wyspie nie ma naturalnych źródeł wody słodkiej.
Flora i fauna
Szata roślinna wyspy jest dość uboga, na wyspie nie ma subtropikalnych lasów, ani pojedynczych drzew. Powszechna jest roślinność krzaczasta i trawiasta. Wyspę otaczają rafy koralowe.
Wyspa stanowi Rezerwat Dzikiej Przyrody Wyspy Baker (Baker Island National Wildlife Refuge) obejmujący całe terytorium wyspy oraz otaczające ją wody o powierzchni 123,45 km². Zarządzany jest przez Służbę Stanów Zjednoczonych ds. Zasobów Połowowych i Dzikiej Przyrody (United States Fish and Wildlife Service).
Świat zwierząt ogranicza się do ptaków morskich, mających na Baker Island kolonie lęgowe. Wyspa jest miejscem bytowania wielu gatunków ptaków zagrożonych wyginięciem. Na wyspie występują żółwie morskieU.S. Dept. of Interior. Baker Island.