W 1991, po odejściu Andrzeja Szwalbe na emeryturę, została mianowana dyrektorem naczelnym Filharmonii Pomorskiej w Bydgoszczy, którym pozostawała do przejścia na emeryturę w 2015. Przeprowadziła instytucję przez okres ustrojowej transformacji. Kierowana przez nią instytucja utrzymała stabilność finansową instytucji, poszerzyła ofertę artystyczną o nowe formy (m.in. spotkania z mistrzami pióra oraz koncerty uniwersyteckie), wprowadziła innowacje organizacyjne (zniżki dla bezrobotnych, otwarte dla publiczności próby generalne), pozyskała dla bydgoskich filharmoników zagranicznych dyrygentów, utrzymała zmieniającą swój repertuar Capellę Bydgostiensis.
Eleonora Harendarska zaangażowała się w działalność licznych organizacji społecznych działających na rzecz kultury. Była członkinią zarządu głównego Stowarzyszenia Polskich Artystów Muzyków w Warszawie, współzałożycielką i pierwszą przewodniczącą Konferencji Dyrektorów Polskich Filharmonii, członkinią jury różnych konkursów artystycznych.
Należała do Ruchu Obywatelskiego Akcja Demokratyczna, następnie związana była z Unią Demokratyczną i Unią Wolności. W 1991 bez powodzenia kandydowała do Senatu, zajmując 5.