Służba wojskowa W 1934 roku dołączył do żydowskiej organizacji paramilitarnej Hagana. Był członkiem oddziałów strzegących kibuce w Galilei. W 1939 roku przeprowadził się do kibucu En ha-Szofet, w którym mieszkał do swojej śmierci. W 1941 roku wstąpił do kompanii szturmowych Palmach, a w maju 1942 roku objął dowództwo nad ich niemiecką sekcją. Był przygotowywany przez Brytyjczyków do prowadzenia wojny partyzanckiej na tyłach wroga. Przeszedł wszechstronne szkolenie sił specjalnych w obsłudze wszystkich rodzajów broni, taktyki walki i łączności. Gdy Brytyjczycy wycofali swoje wsparcie dla Palmach, ich członkowie zostali rozproszeni po różnych bojówkach Hagany. Pod koniec wojny Avidan zajmował się organizacją nielegalnej imigracji. Równocześnie dowodził oddziałem „Avengers”, który zajmował się zabójstwami nazistowskich zbrodniarzy wojennych w Europie. Po powrocie do Izraela został dowódcą 6 Batalionu Palmach.
Podczas wojny domowej w Palestynie w kwietniu 1948 roku dowodził operacją Nachszon, podczas której Hagana usiłowała przerwać oblężenie Jerozolimy. W I wojnie izraelsko-arabskiej 1948 roku uczestniczył w większości najważniejszych starć na froncie południowym. Po wojnie został szefem sztabu operacyjnego.