Krytyka i polemika W 2017 roku Tomasz Flasiński w recenzji książki Napierały pt. Chiny i Japonia a Zachód – historia nieporozumień zarzucił Napierale nieprawdziwe stwierdzenia i sprzeczności oraz podpieranie się pracami publicystycznymi, propagandowymi i mało wiarygodnymi.
W 2020 roku Rafał Chwedoruk w recenzji książki Napierały pt. Fryderyk II Wielki jako władca liberalny zarzucił autorowi, że ten nie zakorzenił się w dorobku współczesnej nauki ani w źródłach epoki. Zarzuty dotyczyły ignorowania zasobów archiwalnych, deficytu materiałów o charakterze pamiętnikarskim i wspomnieniowym, brak artykułów z czasopism naukowych, braku uporządkowania i refleksji nad stanem badań, braku wykorzystania i omówienia dorobku niemieckiej historiografii, absencji literatury rosyjskojęzycznejChwedoruk R., Recenzja osiągnięcia naukowego oraz dorobku naukowego, dydaktycznego i organizacyjnego doktora Piotra Napierały, Warszawa 2020, s. 3 – 9.
W 2023 roku, w ramach polemiki z poglądami Adama Wielomskiego, Napierała zarzucił mu uprawianie propagandy klerykalnej i prorosyjskiej, a także antyzachodniej, antyliberalnej, a zwłaszcza antyprotestanckiej.