Kolejny sezon nie był udany – Pogoń zajęła szóste miejsce w tabeli. Jeszcze gorzej było w 1937, kiedy to zespół znów bronił się przed spadkiem. Skończyło się na ponownym szóstym miejscu. Rok później drużyna poprawiła się o jedną pozycję w tabeli. W dniach 28-29 maja 1939 odbył się turniej na 35-lecie klubu. Z tej okazji wydawano odznakę jubileuszową. Wygrała go Cracovia przed Wisłą, Pogonią i Junakiem Drohobycz. Na 16 lipca 1939 zaplanowano mecz towarzyski Pogoni Lwów z algierską drużyną Union Sportive Musulmane Oranaise (USiMO) z Oranu. W sezonie 1939 rozgrywek z powodu wybuchu II wojny światowej nie dokończono. 31 sierpnia 1939 Pogoń zajmowała trzecią pozycję w tabeli. Ostatni mecz rozegrała w Warszawie z Polonią (1:2). Działalność klubu zawieszono.

Po 1945 Polacy ze wschodnich ziem zabranych, przede wszystkim ze Lwowa, znaleźli się po wojnie wśród animatorów piłki nożnej na ziemiach zachodnich. W oparciu o byłych piłkarzy Pogoni (m.in. Michała Matyasa) odtworzono w Bytomiu – gdzie osiedliło się wielu lwowiaków – Polonię. Klub przyjął niebiesko-czerwone barwy Pogoni Lwów. Na cześć lwowskiego klubu barwy takie przyjęły także Pogoń Szczecin, Piast Gliwice, Odra Wodzisław i Odra Opole, natomiast Pogoń Prudnik nawiązała do tradycji Pogoni Lwów swoją nazwą.