Współzałożycielami Stowarzyszenia byli: Janina Sokołowska-Pituchowa, Stanisław Kohmann, Stefan Różycki, Roman Rafiński, Leokadia Młynarczyk, Tadeusz Kurkiewicz, Jan Słotwiński, Kazimierz Miętkiewski, Kazimierz Dux, Juliusz Zweibaum, Stanisław Skowron, Kazimierz Rapacz, Stanisław Zajączek, Franciszek Kłapkowski, Tadeusz RogalskiM.P. z 1948 r. nr 31 Ogłoszenia władz administracyjnych. Rejestr Stowarzyszeń Zarząd Miejski w m. st. Warszawie [dostęp 2024-05-22]..
W 1954 roku, podczas IX zjazdu, od stowarzyszenia odłączyli się antropolodzy, którzy utworzyli własne towarzystwo naukowe. Podobnie w 1961 roku z PTA wyodrębniło się Towarzystwo Histochemiczne. 14 września 2022 roku, w Szczecinie odbył się ostatni jak dotychczas, XXXIV Zjazd Polskiego Towarzystwa Anatomicznego. Kolejna edycja (XXXV Zjazd) odbędzie się w Kielcach.
Statut Obecna treść statutu PTA została uchwalona 28 czerwca 1999 roku w Łodzi. Główne cele statutowe stowarzyszenia to: informowanie o postępach wiedzy w zakresie nauk morfologicznych promowanie działalności naukowej w dziedzinie morfologii i nauk pokrewnych współpraca z innymi polskimi i zagranicznymi towarzystwami naukowymi