W tym czasie był również członkiem Naczelnego Komitetu Wykonawczego swojej partii, a w latach 1922–27 także posłem na Sejm I kadencji z okręgu 55 obejmującego powiaty województwa tarnopolskiego.
W 1940 r., wraz z żoną i synami został deportowany do Związku Sowieckiego, do ASSR Komi, gdzie został osadzony w specposiołku w Jakszardeniu. Tu, w fikcyjnym procesie, został wraz ze współtowarzyszami niewoli skazany na karę śmierci. Odzyskał wolność na mocy postanowień układu Sikorski-Majski. W 1942 r. Andrzej Witos otrzymał od związanego z ruchem ludowym ambasadora Rządu RP w ZSRR Stanisława Kota zadanie organizowania pomocy dla polskich zesłańców. Czynnie włączył się w organizację domów dziecka, przedszkoli i szkół dla polskich dzieci, w których oprócz podstawowych umiejętności jak czytanie, pisanie, liczenie, dzieci uczyły się historii, geografii. Interweniował – często skutecznie – u lokalnych dygnitarzy, np. w przypadku niewypłacania przez radzieckie zakłady pracy wynagrodzeń Polakom, dystrybuował dary z zagranicy, jak choćby ciepłą bieliznę i odzież czy artykuły spożywcze – mąkę, cukier, tłuszczeTamże, s. 24 i nast.. Gdy w kwietniu 1943 r. ambasada została rozwiązana, Witos podjął pracę stolarza.