W 2006 roku Vargas podpisał kontrakt z austriackim Red Bull Salzburg. W tamtejszej Bundeslidze zadebiutował 19 lipca 2006 roku w wygrany 3:0 spotkaniu z SV Ried. W 2007 roku wywalczył z zespołem mistrzostwo Austrii, a w 2008 roku wicemistrzostwo Austrii. W tym samym roku wrócił do Empoli, grającego w Serie B. Tym razem spędził tam rok.
W połowie 2009 roku odszedł z Empoli. W listopadzie tego samego roku został graczem Spezii Calcio z Serie C2. W 2010 roku wrócił do Chile, gdzie podpisał kontrakt z San Luis Quillota. W 2011 roku przeszedł do Deportes La Serena.
Kariera reprezentacyjna W reprezentacji Chile Vargas zadebiutował 28 kwietnia 1999 roku w zremisowanym 1:1 towarzyskim meczu z Boliwią. W tym samym roku został powołany do kadry na Copa América. Na tamtym turnieju, zakończonym przez Chile na 4. miejscu, zagrał w pojedynkach z Meksykiem (0:1), Wenezuelą (3:0), Kolumbią (3:2), Urugwajem (1:1, 3:5 w rzutach karnych) oraz ponownie z Meksykiem (1:2). W spotkaniu z Wenezuelą otrzymał także czerwoną kartkę.
W 2007 roku Vargas ponownie wziął udział w Copa América. Na tamtym turnieju, zakończonym przez Chile na ćwierćfinale, wystąpił w meczach z Ekwadorem (3:2) i Brazylią (0:3).