Niski poziom wykształcenia zakonników, ich niedostateczna liczba oraz fakt, iż w większości nie byli oni narodowości rosyjskiej sprawił jednak, iż klasztor nie spełnił wyznaczonych mu zadań w zakresie propagowania rosyjskości i prawosławia wśród ludności Chełmszczyzny.
Mimo ograniczeń nakładanych przez władze niepodległej Polski z powodu roli klasztoru w czasie zaborów, monaster funkcjonował przez całe dwudziestolecie międzywojenne. Podczas II wojny światowej został w 1942 spalony przez niemiecki oddział straży granicznej. Formalnie nie przerwał jednak funkcjonowania i pozostawał czynny przez cały okres PRL, mimo trudnej sytuacji materialnej (na polecenie władz stalinowskich stracił całość majątku poza zabudowaniami mieszkalnymi i cerkwiami), jako jedyny męski klasztor Polskiego Autokefalicznego Kościoła Prawosławnego.
Od 1999 posiada status monasteru stauropigialnego i podlega bezpośrednio metropolicie warszawskiemu i całej Polski, który zarządza wspólnotą przez swojego namiestnika. Przy monasterze działa też parafia, której proboszczem jest namiestnik klasztoruWiadomości Polskiego Autokefalicznego Kościoła Prawosławnego, nr 10/2017, Wydanie Warszawskiej Metropolii Prawosławnej, , ss. 5, 13..