W 1963 habilitował się na podstawie rozprawy Szkolnictwo i oświata rolnicza w Wielkopolsce w okresie międzywojennym i otrzymał tytuł naukowy docenta w zakresie pedagogiki. W lutym 1964 otrzymał stanowisko etatowe w Katedrze Pedagogiki UAM. Od 1967 był kierownikiem Zakładu Historii Wychowania przy Katedrze Pedagogiki. Zakładem tym kierował aż do śmierci. Od 1969 organizował, a następnie kierował Wyższym Studium Nauczycielskim przy UAM, a w 1971 był zastępcą rektora ds. tego studium. W 1970 otrzymał tytuł profesora nadzwyczajnego, a w 1975 – zwyczajnego. W latach 1972–1975 był także prorektorem UAM, a w latach 1974–1980 – wicedyrektorem Instytutu Pedagogiki.
Poza pracą na macierzystej uczelni, przewodniczył Radzie Naukowej Ośrodka Metodycznego Szkolnictwa Rolniczego w Poznaniu (1966–1971), Radzie Społeczno-Naukowej Oddziału Poznańskiego Instytutu Kształcenia Nauczycieli i Badań Oświatowych (1972–1986), a także był prezesem Poznańskiego Towarzystwa Pedagogicznego (1977–1980).
Zmarł w Poznaniu, pochowany w Alei Zasłużonych na cmentarzu Junikowo (pole AZ kwatera 3-L-9)Plan Poznania – cmentarze [dostęp 2026-01-20]..
Zainteresowania i osiągnięcia Dorobek publikacyjny Stanisława Michalskiego obejmuje 20 pozycji zwartych, 10 pod redakcją, 162 artykuły i rozprawy oraz 19 recenzji.