Mara z pochodzenia jest Włoszką (od babci ze strony matki), oraz ma korzenie irlandzkie (rodzina Rooneyów zamieszkuje okolice hrabstwa Down). Mara jest prawnuczką założyciela Pittsburgh Steelers – Arta Rooneya Sr. oraz fundatora New York Giants – Tima Mary. Jej dziadek ze strony ojca, Wellington Mara, był długi czas współwłaścicielem Giantsów, obecnie kieruje nimi jej wujek, John Mara. Jej dziadek ze strony matki, Tim Rooney, prowadzi Yonkers Raceway w Yonkers, Nowy Jork od 1972 roku. Rooney jest również siostrzenicą Daniela Rooneya, Ambasadora Stanów Zjednoczonych w Irlandii, oraz współzałożyciela organizacji charytatywnej The Ireland Funds.
Mara ukończyła Fox Lane High School w 2003 r., a następnie udała się do Ekwadoru, Peru i Boliwii w Ameryce Południowej, gdzie przez cztery miesiące w ramach Traveling School (tłum. Szkolne podróże), kształciła się w otwartym środowisku. Uczęszczała również do college’u Gallatin School of Individualized Study na New York University, gdzie studiowała psychologię, na wydziale międzynarodowej polityki społecznej i organizacji non profit. Studia ukończyła w 2010 roku. mały|upright|lewo|Rooney Mara (2009) Jeszcze w czasie studiów, Mara otrzymała rolę szekspirowskiej Julii w teatralnej adaptacji Romea i Julii.