Celem ochrony, według obowiązującego aktu prawnego, jest zachowanie rzeki Zwolenki z jej doliną i przyległymi do niej terenami, jako ostoi żółwia błotnego. Wchodzące w skład rezerwatu ekosystemy tworzą mozaikę. Dużą część doliny zajmują przestrzenie otwarte, zarówno o charakterze półnaturalnym, jak i całkowicie antropogenicznym. Pewną powierzchnię zajmują też zarośla i lasy. Ze względu na to oraz złożoną strukturę własności rozporządzenie ministra powołujące rezerwat „Borowiec” pozwala, pod pewnymi warunkami, na niektóre formy użytkowania. Prywatni właściciele mają przykładowo prawo pozyskiwania drewna i korzystania rolniczego z pól. Dopuszczalne jest piętrzenie wody na potrzeby młyna w Borowcu oraz prace budowlane związane z drogą Chotcza-Józefów-Andrzejów biegnącą jego wschodnią i północno-wschodnią granicą. Niedopuszczalne jest za to zalesianie (jak również wypasanie) nieużytków czy zarybianie torfianek. Dolina Zwolenki jest zatorfiona, przez co wiele siedlisk ma charakter żywych torfowisk lub podmokłych łąk.