W 1861 ożenił się z owdowiałą miłością czasów młodzieńczych – Kamilą z Salzgeberów Blühdorn, z którą miał dwoje dzieci Zygmunta i Marię Woźniakowską. Jego prawnukiem był Jacek Woźniakowski (1920–2012), historyk sztuki, pisarz, współzałożyciel wydawnictwa „Znak”Nowik Joanna, Woźniakowski odegrał rolę w zmaganich o wolną Polskę; [w:] "Polska. Dziennik Łódzki", 10 XII 2012, s. 14..
W 1866 został członkiem Polskiego Towarzystwa Historyczno-Literackiego w Paryżu. W rok później opuścił Paryż i powrócił do kraju. Zamieszkał w majątku Pałahicze, położonym 23 km na wschód od Stanisławowa, następnie w Bortnikach po wybudowaniu wspaniałego dworu w stylu eklektycznym, 8 km na południe od Chodorowa w woj. lwowskim. Pod koniec życia osiadł w 1893 w Krakowie. Mieszkał na ulicy Krupniczej 5.
W 1893 został dyrektorem i prezesem Towarzystwa Przyjaciół Sztuk Pięknych i przewodniczącym Komitetu Muzeum Narodowego. 24 grudnia 1894 został nominowany na dyrektora Szkoły Sztuk Pięknych, jednak stanowiska tego nie objął, umierając niespodziewanie cztery dni później 28 grudnia 1894 po krótkiej chorobie.