Po wojnie turecko-austriackiej Bukowina została włączona do Austrii. Ludność prawosławna, narodowości rumuńskiej i ruskiej, stanowiła na jej obszarze bezwzględną większość. Na mocy patentu tolerancyjnego Józefa II z 1781 wyznawcy prawosławia i protestantyzmu zostali w Austrii zrównani w prawach z katolikami (choć katolicyzm pozostał religią państwową). Obszar anektowany przez Austrię należał do dwóch eparchii – jasskiej i radowieckiej. Józef II zdecydował o utworzeniu jednej eparchii ze stolicą w Czerniowcach i podporządkowaniu jej metropolii karłowickiej oraz likwidacji większości klasztorów (z 21 pozostały trzy), których mienie włączono do funduszu religijnego – źródła finansowania prawosławnych placówek duszpasterskich w regionie. W Czerniowcach powstała również akademia teologiczna.
W eparchii czerniowieckiej ścierały się wpływy ruchu na rzecz budowy jednolitego Rumuńskiego Kościoła Prawosławnego pod przywództwem metropolity Siedmiogrodu oraz budowy jednego Kościoła prawosławnego w Austrii, z metropolitą karłowickim jako zwierzchnikiem. Projekt reorganizacji eparchii przedstawił biskup Eugeniusz (Hakmann), argumentując, iż powinna ona zostać podniesiona do rangi metropolii i włączona do jednolitego Kościoła prawosławnego w Austrii.