Kapłaństwo thumb|Emil Kapaun w czasie swojej prymicji w Pilsen, 1940 9 czerwca 1940 roku Emil Kapaun został wyświęcony na księdza w Newman University w Wichicie w stanie Kansas. Mszę świętą prymicyjną odprawił w kościele św. Jana Nepomucena w swoim rodzinnym Pilsen. W styczniu 1943 roku został mianowany kapelanem pomocniczym na lotnisku wojskowym Herington w pobliżu Herington w stanie Kansas. W grudniu 1943 roku został proboszczem w cywilnej parafii na miejsce ks. Sklenara, który przeszedł na emeryturę. Posługiwał w rejonie Pilsen na terenie rzymskokatolickiej diecezji Wichita.
Służba w armii amerykańskiej II wojna światowa Wstąpił do Szkoły Kapelanów Armii USA w Fort Devens w stanie Massachusetts w sierpniu 1944 roku, a po ukończeniu nauki w październiku rozpoczął służbę jako kapelan wojskowy w Camp Wheeler w stanie Georgia. On i jeden inny kapelan posługiwali ok. 19 tysiącom mężczyzn i kobiet z personelu wojskowego. Kapaun został wysłany do Indii, po czym służył na terytorium Birmy od kwietnia 1945 do maja 1946 roku. Poruszając się samodzielnie samochodem Jeep Willys docierał do swoich podopiecznych, żołnierzy amerykańskich oraz miejscowych Birmańczyków, poruszając się po obszarze 5200 km kw. Został awansowany na kapitana w styczniu 1946 roku.