Lokalizacja miasta w Kotlinie Sądeckiej powoduje jego częściową izolację od innych miast, jednak dzięki przebiegającemu tędy szlakowi handlowemu prowadzącego na południe Europy, Nowy Sącz już w średniowieczu stał się jako ważny punkt wymiany handlowej, szczególnie z Węgrami.
Miasto otaczają masywy górskie: od południa Beskid Sądecki, od zachodu Beskid Wyspowy, na wschodzie wąski pas Beskidu Niskiego, a od północy Pogórze Rożnowskie. W niewielkiej odległości znajduje się Jezioro Rożnowskie.
Do reformy administracyjnej w 1998 roku Nowy Sącz był stolicą województwa nowosądeckiego. W latach 1973–1977 pełnił siedzibę gminy wiejskiej Nowy Sącz oraz 1969-1972 gromady Nowy Sącz.
Ze względu na położenie geograficzne naturalna wentylacja miasta jest ograniczona, co powoduje problemy z jakością powietrza. W sezonie grzewczym często występuje smog. Według raportu Światowej Organizacji Zdrowia (WHO) w 2016 roku, Nowy Sącz został sklasyfikowany jako jedno z najbardziej zanieczyszczonych miast Unii Europejskiej zajmując 14. miejsce.
Dane liczbowe Powierzchnia miasta: 57,6 km² Najwyższy punkt: wzgórze Majdan – ok.