Walczył następnie w wojnie polsko-bolszewickiej w 29 pułku Strzelców Kaniowskich, uzyskując w 1919 stopień podporucznika. Został postrzelony, lecz po wyleczeniu powrócił na front. 16 sierpnia 1920 został poważnie ranny w nogę w bitwie pod Radzyminem. Za udział w niej otrzymał Krzyż Srebrny Orderu Virtuti Militari. Zakażona rana wymagała długiej i uciążliwej rekonwalescencji. Choć Skarżyńskiemu udało się uniknąć trwałego inwalidztwa, to od tej pory utykał na nogę. Lotnicza kariera Skarżyńskiego zaczęła się w efekcie zbiegu okoliczności, gdyż na skutek niezdolności do dalszej służby w piechocie, jedyną szansę na pozostanie w wojsku znalazł w lotnictwie, chociaż i tam początkowo lekarze wojskowi stawiali mu przeszkody. Po usilnych zabiegach z jego strony, udało mu się jednak uzyskać zgodę na przeniesienie do lotnictwa. 3 maja 1922 został zweryfikowany w stopniu porucznika ze starszeństwem z 1 czerwca 1919 i 2772. lokatą w korpusie oficerów piechoty.