W 1918 dom został zarekwirowany przez obwodowy komitet bolszewicki, na którego czele stał Piotr Wojkow.
Zabójstwo rodziny carskiej Ostatni imperator rosyjski Mikołaj II wraz z najbliższą rodziną został przetransportowany z Tobolska do Jekaterynburga 30 kwietnia 1918. Więźniów umieszczono w Domu Ipatiewa, zwanym Domem Specjalnego PrzeznaczeniaSobczak J., Mikołaj II – ostatni car Rosji, Warszawa 2009, s. 540.. W nocy z 16 na 17 lipca z rozkazu Włodzimierza LeninaWołkogonow D., Lenin. Prorok Raju, Apostoł Piekła, Warszawa 2006, ss. 216–219. w piwnicy budynku przeprowadzono egzekucję byłego cesarza Mikołaja II, jego żony, Aleksandry Fiodorownej, następcy tronu cesarzewicza Aleksego, księżniczek Olgi, Tatiany, Marii i Anastazji oraz ich służących. Kilka dni później oficerowie Białych, którzy zajęli miasto, odnaleźli na jednej ze ścian cytat z wiersza Heinricha Heinego:
Belsatzar war in selbiger Nacht
Von seinen Knechten umgebracht
Belsatzar został tej nocy
przez sługi swe zabityŚwiadoma zmiana w stosunku do oryginału. Zamiast „Baltazar” napisano „Belsatzar”..