Mikrobiologia Zapalenie pępka jest powodowane praktycznie wyłącznie przez bakterie. W trzech na cztery przypadki technikami mikrobiologicznymi identyfikuje się więcej niż jeden gatunek. Do najczęściej występujących bakterii tlenowych należą gronkowiec złocisty, paciorkowce grupy A, pałeczka okrężnicy, pałeczka zapalenia płuc i Proteus mirabilis. Przy zastosowaniu metod hodowli w warunkach beztlenowych u 1/3–2/3 pacjentów uzyskuje się wynik dodatni. Przeważają Bacteroides fragilis (powodujący również zapalenie owodni u ciężarnych), Peptostreptococcus spp. i Clostridium perfringens. Clostridium tetani jest przyczyną tężca noworodków, nadal występującego w państwach rozwijających się; notowano również przypadki zakażeń Paraclostridium sordellii. Generalnie spotykana flora ściśle zależy od panujących standardów sanitarnych i intensywności użycia preparatów bakteriobójczych. Zakażeniom w krajach tropikalnych sprzyjają lokalne praktyki obrzędowe, takie jak posypywanie pępowiny popiołem tytoniowym lub zanurzanie jej w krowim łajnie.