Badanie kliniczne Zakażenie rozwija się w ciągu pierwszych dwóch tygodni życia (średnio 5–9 dzień, szybciej u wcześniaków). Najważniejszymi objawami lokalnego stanu zapalnego są zaczerwienienie, opuchlizna i bolesność samego pępka. Z kikuta może sączyć się ropa, krew lub inna ciecz o nieprzyjemnym zapachu. Dalsze szerzenie się infekcji wzdłuż ścian jamy brzusznej przejawia się w postaci wybroczyn, pęcherzy, obrazem skórki pomarańczy (fr. peau d'orange) itp. Układowa reakcja na zaawansowane zakażenie obejmuje gorączkę (ponad 38 °C), lub hipotermię (<36 °C), tachykardię, spadek ciśnienia tętniczego, bezdech lub wzmożone oddychanie, często z widocznymi oznakami duszności, senność i zanik odruchów wrodzonych. Perystaltyka staje się leniwa lub znika całkowicie; przy zajęciu wątroby może pojawić się żółtaczka.
Wydzielina z niewielkim zaczerwienieniem wokół nasady kikuta nie świadczy automatycznie o postępującej chorobie. Czasem takie objawy pojawiają się u zdrowych dzieci w związku ze stopniowym usychaniem kikuta. Podrażnienie może wywołać również przyżeganie ziarninowej blizny azotanem srebra.