W 1949 decyzją władz instytucja została zlikwidowana, na skutek braku ich zgody na wychowanie dzieci przez kościół, a dawna siedziba domu dziecka została przeznaczona na budynek wojskowy.
W 1947 w związku z repatriacją z ZSRR do miasta przyjechał Mikołaj Makarczuk, który od tej pory zaczął sprawować stanowisko pastora zboru. W 1948 odbywały się tutaj dwa niedzielne nabożeństwa, a w środy – godziny biblijne. Zbór posiadał trzy placówki misyjne, w których nabożeństwa prowadzono co dwa tygodnie. Wspólnota zajmowała się również działalnością kulturalną, repolonizacyjną oraz charytatywną, odbywały się też zajęcia Szkoły Niedzielnej. Przebieg nabożeństw był zakłócany przez ludność katolicką, na przykład poprzez wrzucanie do kaplicy w ich trakcie kamieni przez szyby, jednak z czasem incydenty te ustały.
W 1948 w Lidzbarku na bazie zorganizowanego tu w dniach 4–26 czerwca 1948 kursu teologicznego zostało powołane Seminarium Teologiczne, którego kierownikiem został Mikołaja Korniluk.