Pełnił to stanowisko aż do 2009, łącząc je nawet (na co pozwala prawo stanowe) z obowiązkami zastępcy gubernatora.
Kariera polityczna W 1997 Daugaard został wybrany do senatu stanowego Dakoty Południowej z ramienia Republikanów. W 2002 ówczesny kandydat na gubernatora Mike Rounds zaproponował mu funkcję swego zastępcy w przyszłej administracji. Po wygranych przez Roundsa wyborach w listopadzie 2002, w styczniu 2003 obaj objęli swoje nowe stanowiska. W 2010 Daugaard był naturalnym kandydatem na następcę Roundsa i bez większych kłopotów uzyskał nominację. W wyborach w listopadzie 2010 jego demokratycznym kontrkandydatem był senator stanowy Scott Heidepriem, lecz Daugaard pokonał go zdecydowanie, uzyskując 61,5% głosów. 8 stycznia 2011 został trzydziestą drugą w historii osobą zaprzysiężoną na gubernatora Dakoty Południowej.
Popiera stosowanie kary śmierci. Pełniąc urząd gubernatora Dakoty Południowej zezwolił na przeprowadzenie trzech egzekucji skazanych na śmierć morderców. Dwie z nich odbyły się w październiku 2012 roku, a jedna w październiku 2018 roku.