Służba podczas wojny secesyjnej Dowódcą okrętu został porucznik marynarki (Lt.) Thomas B. Huger. Został on przydzielony do flotylli komodora G. Hollinsa, broniącej dolnego biegu Missisipi, czasami (jak w czasie swojej ostatniej bitwy) służąc przy tym jako okręt flagowy Hollinsa. „McRae” służył między innymi do osłony łamaczy blokady w rejonie delty Missisipi. 12 października 1861 wziął udział w starciu zespołu konfederackiego wraz z taranowcem CSS „Manassas” z okrętami Unii wpływającymi na deltę Missisipi, zakończonym uszkodzeniem okrętów Unii i odwrotem obu stron.
„McRae” walczył następnie podczas obrony fortów Jackson i St. Philip, broniących drogi do Nowego Orleanu, przeciwko przeważającym siłom Unii 24 kwietnia 1862. Był jedynym klasycznym okrętem morskim z artylerią w bateriach burtowych w składzie sił Konfederacji (pozostałe w większości stanowiły uzbrojone w sposób improwizowany parowce). Walcząc z kilkoma okrętami, przede wszystkim silnie uzbrojonymi slupami USS „Brooklyn” i „Iroquois”, „McRae” odniósł ciężkie uszkodzenia i wyrzucił się na brzegA. Konstam, op.cit., s.33. Zginęło 4 i rannych zostało 17 członków załogi, w tym dowódca, a dowodzenie przejął porucznik marynarki Charles W. Read.