Bonifacy nie stronił jednak od nepotyzmu, mianując dwóch swoich braci władcami Spoleto i Ankony.
Zamieszki, które wybuchły w Rzymie w zmusiły papieża do opuszczenia swojej siedziby i przeniesienia się do Perugii, a następnie do Asyżu. Wykorzystując spisek zawarty przeciw sobie w Bonifacy IX obalił niezależną republikę i sam powołał nowych senatorów. Jego wojska zajęły strategiczne miejsca w Rzymie dzięki czemu odzyskał pełne panowanie w tym mieście. Po śmierci antypapieża Klemensa, Bonifacy odrzucił wszelkie propozycje zakończenia schizmy, a nawet propozycję bezpośredniego spotkania z nowym antypapieżem, Benedyktem XIII.
Zasługi Dużą zasługą Bonifacego IX było odrestaurowanie Zamku św. Anioła, jak i przejścia między zamkiem a siedzibą papieży. Miał swój wkład w reorganizację floty oraz w budowę punktów obronnych u wybrzeży Morza Tyrreńskiego, a także w rozwój uniwersytetów w Heidelbergu, Kolonii i Erfurcie. Bonifacy IX w nakazał obchodzić w całym Kościele katolickim święto Nawiedzenia Najświętszej Maryi Panny. Obchodzi się je obecnie w Kościele 31 maja. W 1391 i 1398 wydał bullę protekcyjną dla arcybiskupstwa gnieźnieńskiego i biskupstwa wileńskiego. Poparł Polskę podczas walk z Zakonem Krzyżackim i zakazał mu ataków na Litwę. W utworzył w Akademii Krakowskiej wydział teologiczny.