W latach 1937–1938 był dowódcą ciężkiego krążownika „Indianapolis”, w latach 1938–1941 pełnił funkcję attaché morskiego w Rzymie i Belgradzie. Badał zniszczenia spowodowane przez brytyjski atak na Tarent w listopadzie 1940 roku. Po powrocie do Stanów Zjednoczonych dowodził 8 Dywizjonem Niszczycieli na Atlantyku, by wkrótce, po promocji na stopień kontradmirała (Rear Admiral) zostać mianowanym dowódcą 6 Dywizjonu Krążowników Floty Pacyfiku. Objął swoje stanowisko już po ataku na Pearl Harbor, który kosztował stanowisko jego szwagra (męża Dorothy Kinkaid), admirała Husbanda E. Kimmela. Jako dowódca dywizjonu, z krążownikiem „Minneapolis” jako okrętem flagowym, wziął udział w bitwie na Morzu Koralowym oraz bitwie pod Midway.
Po tej ostatniej został mianowany dowódcą Task Force 16, utworzonego wokół lotniskowca „Enterprise”. Na jego czele wziął udział w kampanii na Guadalcanalu, uczestnicząc w bitwach koło wschodnich Wysp Salomona oraz koło wysp Santa Cruz. Był ostatnim „nielotnikiem” prowadzącym w boju zespół lotniskowców US Navy. Po śmierci admirała Callaghana w pierwszej bitwie koło Guadalcanalu 13 listopada 1942 roku Thomas C. Kinkaid przejął dowodzenie siłami krążowników operujących w rejonie. Na początku 1943 roku objął dowództwo North Pacific Force, zastępując kontradmirała Roberta A.