Rezydencja ustanowiona została oficjalnie domem zakonnym w 1775, w trzy lata po I rozbiorze Polski, kiedy to Zamarte znalazło się w granicach Królestwa Pruskiego. Oprócz zwykłej działalności duszpasterskiej prowadzonej w kościele klasztornym, franciszkanie głosili misje święte w językach polskim i niemieckim, zabiegali też o nawrócenia z protestantyzmu. Do miejscowych bractw św. Anny (od 1777) i Serca Pana Jezusa (od 1780) zapisywali się okoliczni ziemianie i chłopi. Szerzono kult figurki Matki Bożej a także kopii obrazu Matki Boskiej Częstochowskiej.
Znane są imiona i nazwiska następujących przełożonych bernardyńskiej wspólnoty w Zamartem: Wawrzyniec Estka − 1756, zmarł 16 października 1762 Antoni Czarnowski − 1766 Marian Fiała − 11 czerwca 1792 Władysław Schragfer − 18 lutego 1813 Franciszek Schragfer − 1 sierpnia 1816 W 1821 Zamarte przeszło z archidiecezji gnieźnieńskiej do diecezji chełmińskiejBulla De salute animarum Piusa VII.. Władze pruskie stosowały wobec zakonników liczne kontrole, wymagano przeprowadzenia spisu osób i majątku. Po 1795 polityka rządu pruskiego stała się jawnie wroga, zaczęto dążyć do całkowitej likwidacji życia zakonnego. Fryderyk Wilhelm III podpisał 30 października 1810 ustawę znoszącą klasztory w państwie. Klasztor w Zamartem zlikwidowano w 1826, w momencie śmierci ostatniego zakonnika o.