Przywrócony do służby cztery lata później jako dowódca slupa „St. Mary's”. Przez dwa lata patrolował pacyficzne wybrzeże Meksyku i Ameryki Środkowej. Po wybuchu wojny secesyjnej, latem 1861 roku został odwołany do Waszyngtonu a jesienią tegoż roku wysłany do St. Louis, gdzie uczestniczył w organizacji Zachodniej Flotylli Kanonierek. W październiku 1861 roku został mianowany, w stopniu komandora porucznika (Commander), dowódcą przebudowanego na kanonierkę promu „New Era”. W grudniu tegoż roku, podczas opancerzania okrętu w St. Louis, zmienił jego nazwę na „Essex”, na pamiątkę fregaty „Essex”, dowodzonej przez jego ojca podczas wojny roku 1812.

W styczniu 1862 roku uczestniczył w dwóch potyczkach z konfederatami na Missisipi, a 6 lutego w bitwie o Fort Henry. W pojedynku z bateriami nadbrzeżnymi „Essex” został trafiony, między innymi w jeden z kotłów, który eksplodował. Pomimo poparzenia parą, komandor Porter nie przerwał dowodzenia, wyprowadzając okręt z pola bitwy. Uszkodzona kanonierka została ponownie przebudowana, pod kierunkiem jej dowódcy, który równocześnie nadzorował przebudowę dwóch innych jednostek: „Lafayette” i „Choctaw”. Po ponownym wejściu kanonierki do linii, Porter wziął udział w akcjach przeciwko okrętowi pancernemu konfederatów „Arkansas”.