W 1944 przeniósł się do Lublina, gdzie pracował jednocześnie na KUL-u (1944-49) i Uniwersytecie Marii Curie-Skłodowskiej (1945-51). W 1947 r. na UMCS został promowany na stanowisko profesora nadzwyczajnego. W roku 1951 przeniósł się na Uniwersytet Poznański, gdzie także został nominowany na analogiczne stanowisko. W lipcu 1952 roku objął kierownictwo Katedry i Zakładu Etnografii UP (wówczas w Zespole Katedr Historii Kultury Materialnej), która stała się siedzibą Zarządu Głównego Polskiego Towarzystwa Ludoznawczego i jego organów: biblioteki, archiwum i wydawnictw. Działalność naukowa pracowników była wyrazem programu badawczego PTL, którego głównym celem było opracowanie Polskiego Atlasu Etnograficznego.
1 października 1953 r. Gajek podjął pracę na Uniwersytecie Wrocławskim, gdzie w latach 1960-65 kierował Katedrą Etnografii Ogólnej i Etnografii Słowian. W 1967 przeniesiony został do PAN. Zmarł w 1987 r. we Wrocławiu. Pochowany na cmentarzu św. Wawrzyńca przy ul. Bujwida we Wrocławiu (4d/5/10) śp. Józef Gajek wyszukiwarka Grobonet. mały|Grób prof. Józefa Gajka na cmentarzu św.