W 2009 został usunięty z Socjaldemokratycznej Partii Kirgistanu.
Po rewolucji w Kirgistanie w 2010 i obaleniu prezydenta Kurmanbeka Bakijewa, wstąpił w szeregi nowo powstałej Partii Respublika. 5 czerwca 2010 został wybrany jej przewodniczącym. W wyborach parlamentarnych w listopadzie 2010 Respublika uzyskała 23 mandaty, stając się czwartą siłą polityczną w parlamencie. 17 grudnia 2010 Babanow podpisał umowę koalicyjną z Socjaldemokratyczną Partią Kirgistanu oraz partią Ata Żurt. W jej wyniku na czele rządu stanął Ałmazbek Atambajew, lider Socjaldemokratycznej Partii Kirgistanu, podczas gdy lider Ata Żurt objął urząd przewodniczącego parlamentu, a Babanow stanowisko wicepremiera. Parlament tego samego dnia zatwierdził skład nowego rządu. Od 14 kwietnia do 16 maja 2011 w związku z dochodzeniem w sprawie korupcji czasowo zrezygnował ze sprawowania urzędu.
23 września 2011 przejął obowiązki szefa rządu od Ałmazbeka Atambajewa, który zgodnie z prawem zmuszony był zrezygnować z urzędu premiera, aby wziąć udział w wyborach prezydenckich zaplanowanych na 30 października 2011. Po zwycięstwie wyborczym Atambajew powrócił 14 listopada 2011 na stanowisko szefa rządu, by zajmować je do czasu zaprzysiężenia na urząd prezydenta.