Pierwszy sezon w Santosie Danilo zakończył bilansem 26 meczów, w których strzelił 4 bramki. Rok 2011 Danilo rozpoczął od wygrania z Santosem ligi stanowej São Paulo – Campeonato Paulista, po wygraniu w finale z SC Corinthians Paulista. Kilka tygodni później świętował z Santosem po 48-letniej przerwie tryumf w Copa Libertadores. W rewanżowym meczu finałowym z CA Peñarol Danilo w 69 min. zdobył bramkę na 2-0 dla Santosu. Łącznie Danilo zdobył 4 bramki w tych rozgrywkach.
Dobra gra zaowocowała zainteresowanie europejskich klubów. 19 lipca 2011 oficjalnie poinformowano, że Danilo został sprzedany do FC Porto za kwotę 13 milionów eurohttps://web.archive.org/web/20120523092139/http://www.fcporto.pt/IncFCP/PDF/Investor_Relations/FactosRelevantes/CompraDanilo19072011.pdf Transfer do Porto. Danilo występuje w Porto od stycznia 2012.
1 kwietnia 2015 roku hiszpański Real Madryt poinformował oficjalnie, że podpisał z Danilo sześcioletni kontrakt, który wejdzie w życie 1 lipca tego samego roku.
23 lipca 2017 podpisał kontrakt z Manchesterem City.