Funkcję dyrektora objął w czerwcu 1944, z jego osobą wiąże się odbudowę i rozwój szpitala tworkowskiego. Tuż po wyzwoleniu przy szpitalu powstała Klinika Psychiatrii Akademii Medycznej, a sześć lat później Instytut Psychoneurologii. W 1945 Feliks Kaczanowski zorganizował w odbudowywanym szpitalu pierwszy zjazd lekarski w wyzwolonej Polsce, było to Walne Zgromadzenie Towarzystwa Psychiatrów Polskich. Propagował terapię zajęciową, która pozwalała pacjentom na podjęcie pracy, a szpitalowi dawała siłę roboczą w piekarni, ogrodnictwie, drukarni i pracowni krawieckiej. 1 marca 1976 Feliks Kaczanowski przeszedł na emeryturę, ale otrzymał etat konsultanta ds. psychiatrii i nadal pracował. Zmarł w swoim gabinecie 7 września 1976, spoczywa na przyszpitalnym cmentarzu.
Poza pracą lekarską doktor Kaczanowski był biegłym sądowym ds. psychiatrii (w przypadkach, gdy wyrokiem miała być kara śmierci), opiniował badania w głośnych procesach m.in. Jerzego Paramonowa, prof. Tarwida i rodziny Zakrzewskich.
Od 1945 członek Polskiej Partii Robotniczej (PPR), członek Komitetu Miejskiego (KM) PPR w Pruszkowie.