Pierwszy etap (prace przygotowawcze, skup gruntów, dokumentacja na lata 2020–2023) sfinansowano kwotą 12,8 mld zł, głównie z papierów skarbowych i środków UE.
W przyjętym na koniec 2023 programie wieloletnim na lata 2024–2030 łączny koszt wszystkich komponentów oszacowano na 155 mld zł, w tym 46,3 mld zł na komponent lotniskowy i 70 mld zł na kolejowy. Program zakładał udział mniejszościowego inwestora prywatnego (konsorcjum Vinci Airports i ), z którego zrezygnowano w grudniu 2024 (zob. Zmiany po 2024). Zaktualizowany w grudniu 2024 harmonogram obniżył szacunek do 131,7 mld zł (42,7 mld zł na komponent lotniskowy, 76,8 mld zł na kolejowy), m.in. w wyniku rezygnacji z części zadań drogowych.
Zarządzanie 12 września 2018 powołano spółkę celową Centralny Port Komunikacyjny (CPK) Sp. z o.o. (w 100% własność Skarbu Państwa). W 2023 spółka przejęła 100% akcji Polskich Portów Lotniczych i na koniec 2024 zarządzała grupą kilkunastu spółek zależnych, głównie operatorów lotnisk regionalnych.