Zbudowano także w tym czasie duży refektarz.

Wraz z rozwojem reformacji w hrabstwie kłodzkim zakony katolickie podupadły, w tym kanonicy regularni. Sytuacja była na tyle dramatyczna, że w 1578 roku arcybiskup praski odwołał przeora Andreasa Pfeiffera. Zmieniło się to w 2. połowie XVI wieku, kiedy na przeora zakonu powołano , niebędącego kanonikiem, ale uchodzącego za osobę zdolną do przeprowadzenia kontrreformacji w Kłodzczyźnie. Jednak zdecydowany opór mieszczan oraz nieprzychylna postawa rady miejskiej wobec katolików, spowodowała, że w 1595 roku papież Klemens VIII rozwiązał zgromadzenie w Kłodzku i przekazał obiekty należące do kanoników regularnych jezuitom kłodzkim.

Bardzo znaczący jest wkład zakonów, wśród których miejsce poczesne zajmowali kanonicy regularni św. Augustyna, zwani potocznie augustianami, do kultury chrześcijańskiej na ziemi śląskiej, odegrali również istotną rolę dla kultury Kłodzka.