Seria GP3 W tym samym sezonie Fontana wystartował w jednej rundzie Serii GP3 na torze Spa-Francorchamps. Reprezentując szwajcarską ekipę Jenzer Motorsport, w pierwszym wyścigu dojechał na czternastym miejscu, natomiast w drugim sięgnął po jeden punkt za szóstą lokatę. Dzięki temu został sklasyfikowany na 24. pozycji w ogólnej punktacji.
Na sezon 2013 startów w serii GP3 przedłużył kontrakt ze szwajcarską ekipą Jenzer Motorsport. W ciągu szesnastu wyścigów, w których wystartował, raz stanął na podium (podczas drugiego wyścigu na Silverstone Circuit). Z dorobkiem osiemnastu punktów został sklasyfikowany na siedemnastej pozycji w klasyfikacji generalnej.
W sezonie 2014 Szwajcar podpisał kontrakt z francuską ekipą ART Grand Prix. Wystartował łącznie w osiemnastu wyścigach, spośród których dwukrotnie stawał na podium. Był trzeci w drugim wyścigu w Belgii i w pierwszym wyścigu w Soczi. Uzbierał łącznie 43 punkty, które zapewniły mu jedenaste miejsce w końcowej klasyfikacji kierowców.