W listopadzie 1999 został trenerem kobiecej reprezentacji Polski seniorek. Po raz pierwszy poprowadził ten zespół 8 maja 2000 w nieoficjalnym towarzyskim spotkaniu z USA. Pierwszy mecz oficjalny pod jego kierunkiem reprezentacja zagrała 24 maja 2000 w Kępnie z Turcją. Następnie uzyskał awans do mistrzostw Europy w 2001, a na turnieju finałowym jego drużyna zajęła 6 m. W 2002 poprowadził reprezentację w pierwszym od 1978 starcie w mistrzostwach świata, zajmując miejsce 13 m. Zrezygnował z prowadzenia kadry w kwietniu 2003, wskazując jako przyczynę niewywiązywanie się Polskiego Związku Piłki Siatkowej z zobowiązań finansowych wobec zawodniczekZbigniew Krzyżanowski rezygnuje. Łącznie poprowadził ją w 66 spotkaniach, w tym 44 zwycięskich. W meczach o punkty jego bilans to 21 spotkań, w tym 11 zwycięskich. Jego następcą na stanowisku selekcjonera został Andrzej Niemczyk.
Latem 2002 został trenerem BKS-u Stal Bielsko-Biała. Poprowadził tę drużynę do mistrzostwa Polski w 2003 i 2004 oraz Pucharu Polski w 2004. W grudniu 2005 zrezygnował z prowadzenia pierwszej drużyny, ale pozostał w klubie jako trener rezerw, z którymi awansował do II ligi.