Walczył w wojnie grecko-włoskiej lat 1940–1941. Powracając w stopniu kapitana artylerii, niezwłocznie podjął organizację ruchu oporu. Zebranie założycielskie nowej organizacji bojowej odbyło się 15 maja 1941, w Atenach, w azylu klasztoru Kesariani. Wraz z szybko postępującą odbudową KKE konspiratorzy zgłosili swój akcesManolis Glezos – Εθνική Αντίσταση 1940–1945, wydanie 4, tom2, s. 1087, Wyd. ΣΤΟΧΑΣΤΗΣ,www.stochastis.gr, Ateny, data wydania I 2006, ISBN (SET) 960-303-147-X..
Na początku 1942 utworzył pierwszy oddział ELAS, stając na jego czele pod pseudonimem Aris Weluchiotis, ukutym od góry Weluchi i mitycznego boga wojny Aresa. W nocy z 25 na 26 listopada 1942 na czele swojego zgrupowania, razem z oddziałem zbrojnym organizacji EDES Napoleona Zerwasa i grupą komandosów brytyjskich przeprowadził jedną z najbardziej spektakularnych akcji ruchu oporu w okupowanej Europie – wysadzenie wiaduktu w Gorgopotamos (operacja Harling). Stał się najsłynniejszym dowódcą ELAS, wprowadzając w całym ruchu wielką dyscyplinę. Zarzucano mu sadyzm wobec podwładnych (przy osobistej odwadze), a według innych źródeł okrucieństwo, jednak nigdy w stopniu wyższym, niż ten niezbędny do realizacji celówOcena C.M.Woodhouse’a, dowódcy brytyjskiej misji wojskowej do partyzantów, przedstawiana w raportach wywiadu. Uznawany był za protokapetaniosa ELAS.