Rozróżnienie takie powstało jako wynik teorii zaproponowanej w 1719 roku przez redaktora jednego z wydań Septuaginty, Francisa Lee.
Teoria dwóch kanonów była dalej rozwijana m.in. dzięki pracom katolickiego uczonego Franza Karla Moversa. Według niej hipotetyczny kanon aleksandryjski miał być obszerniejszy, gdyż miał zawierać księgi napisane specjalnie dla Diaspory. Za definicję kanonu aleksandryjskiego teoria przyjmuje Septuagintę, a ściślej – te jej księgi, które ostatecznie znalazły się w Wulgacie Hieronima ze Strydonu. Księgi, które miały należeć tylko do kanonu aleksandryjskiego nazwano w XVI w. w katolicyzmie deuterokanonicznymi, a w protestantyzmie apokryfami. Obecnie przeważa pogląd, że wyraźny podział na kanon palestyński i kanon aleksandryjski nigdy nie istniał i wspomniane terminy nie są używane.