Kariera Kazimierza Stołyhwy rozwijała się w szybkim tempie. W 1917 roku został członkiem zarządu i zastępcą sekretarza generalnego Towarzystwa Naukowego Warszawskiego, w latach 1919–1924 był sekretarzem generalnym Towarzystwa, w 1919 roku wszedł w skład komitetu organizacyjnego Międzynarodowego Instytutu Antropologii w Paryżu, a od 1920 roku był jego członkiem rzeczywistym i członkiem Rady Zarządzającej. W 1920 roku odrzucił propozycję objęcia Katedry Antropologii na Uniwersytecie Stefana Batorego w Wilnie, natomiast przekształcił swoją Pracownię Antropologiczną w Instytut Nauk Antropologicznych z trzema zakładami: antropologii, etnologii i archeologii, a nadto muzeum antropologicznym oraz archeologicznym. Był przewodniczącym (1921 r.) Instytutu Nauk Biologicznych i kierownikiem Zakładu Antropologii. W 1920 roku współorganizował Oddział Antropologii Militarnej, włączony następnie (od 1924 r.) do Instytutu Nauk Antropologicznych.