W styczniu 2013 Pérez powrócił do Querétaro FC, tym razem już na zasadzie transferu definitywnego. Mimo obiecującego początku, już po kilku tygodniach wskutek zmiany szkoleniowca (Sergio Bueno został zastąpiony przez Ignacio Ambríza) został relegowany do roli głębokiego rezerwowego. Po upływie roku został wypożyczony do drugoligowego Delfines del Carmen z siedzibą w Ciudad del Carmen, gdzie spędził sześć miesięcy jako podstawowy gracz linii defensywy, lecz bezpośrednio po tym klub został rozwiązany. W lipcu 2014, również na zasadzie wypożyczenia, zasilił grającą na najwyższym szczeblu drużynę Deportivo Toluca.
Sezon Klub Kraj Rozgrywki Mecze Bramki 2009/2010 Chivas de Guadalajara
Liga MX 4 0 2010/2011 Chivas de Guadalajara
Liga MX 5 0 2011/2012 Querétaro FC
Liga MX 25 1 2012/2013 Chivas de Guadalajara
Liga MX 5 0 2012/2013 Querétaro FC
Liga MX 6 0 2013/2014 Querétaro FC
Liga MX 0 0 2013/2014 Delfines del Carmen
Ascenso MX 12 0 2014/2015 Deportivo Toluca
Liga MX 7 0 2015/2016 Deportivo Toluca
Liga MX