Został następnie przeniesiony pod rozkazy Friedricha Jeckelna, Wyższego Dowódcy SS i Policji regionu Ostland. Początkowo Aumeiera włączono do jednostki saperskiej, budującej umocnienia na obszarze Oranienbaum – Leningrad. Następnie, jako kierownik komanda budowlanego złożonego z około 7000 więźniów żydowskich, utworzył na terenie Estonii obóz koncentracyjny Vaivara i objął w nim funkcję jego komendanta. Pełnił ją od 1 października 1943 do ewakuacji obozu w sierpniu 1944. Od 20 sierpnia 1944 brał udział w walkach na froncie wschodnim w ramach batalionu policyjnego wchodzącego w skład Kampfgruppe Jeckeln. W październiku 1944 Aumeier został odwołany do dyspozycji szefa obozów koncentracyjnych Richarda Glücksa w Oranienburgu i skierowany do służby w kompleksie obozowym Dachau, jako komendant jednego z podobozów Kaufering I-XI.