Najludniejsze były oddziały w Bratysławie i Bańskiej Szczawnicy.
Gdy w sierpniu 1944 roku na Słowacji wybuchło powstanie narodowe (SNP), wielu funkcjonariuszy i członków klubu w mniej lub bardziej otwarty sposób pomogało partyzantom, rannym i poszukiwanym. 46 członków KSTL poniosło podczas powstania śmierć. Wśród bardziej znanych są chociażby późniejsi patroni tatrzańskich schronisk – narciarze Ján Rašo (Schronisko Ważeckie) i Pavol Bilík (Schronisko Bilíka). Oprócz nich zamordwano także Eduarda Hrnčírika z Baťovan, Jána Žuffę, czy naczelnika sekcji narciarskiej Jána Bezrouka.
Powstanie, jego tłumienie, a następnie „oswobodzenie” kraju przez wojska radzieckie nie przeszły bez śladu na infrastrukturze turystycznej na Słowacji. Zniszczeniu uległo 56 schronisk KSTL, a dalsze 15 zostało uszkodzonych. Łącznie stanowiło to olbrzymią większość przedwojennych budynków klubu. Dzięki pomocy rządowej większość z nich udało się po wojnie odbudować lub odremontować. Podobnie rzecz miała się ze szlakami turystycznymi i ich oznakowaniem, które w czasie walk niemal w całości zostały zniszczone.
Klub przejęł też po KČST wchodzące nieprzerwanie od 1921 roku czasopismo Krásy Slovenska. W roku 1946, kiedy pismo obchodziło 25.