Argumenty logiczne W swojej książce Bóg. Błędna hipoteza Victor Stenger wskazuje na sprzeczności logiczne pojęcia boga i twierdzi, że bóg wszechwiedzący, nieskończenie dobry i wszechmocny nie może istnieć. Podobne logiczne dowody na nieistnienie boga, opierające się na różnych jego atrybutach, można znaleźć w pracy Michaela Martina i Ricki Monniera pt. Bóg niemożliwy, oraz w artykule Theodore M. Drange'a pt. Argumenty z niekompatybilności atrybutów.
Krytyka koncepcji „niezachodzących na siebie magisteriów” Nowy ateizm szczególnie krytykuje koncepcję „niezachodzących na siebie magisteriów” (NOMA, z ang. non-overlapping magisteria), poglądu propagowanego przez Stephena Jaya Goulda, według którego osobne obszary ludzkich zainteresowań posiadają osobne zestawy narzędzi dyskursu i rozstrzygania problemów. W szczególności nauka i religia są domenami niezachodzącymi na siebie: przedmiot nauki ograniczony jest do empirycznej rzeczywistości, stąd nauka obejmuje teorie opisu obserwacji, podczas gdy religia zajmuje się innymi kwestiami, takimi jak sens ostateczny czy wartości moralne.