W odbudowie zniszczonego opactwa pomógł król Władysław IV. Trwało ono jednak bardzo długo. Z tego okresu pochodzi obraz Matki Bożej z Dzieciątkiem, zwany Matką Boską Paradyską ufundowany przez opata Zygmunta Czyżowskiego. Kolejny opat Jan Szczuka ufundował ołtarz główny (nie zachowany do czasów współczesnych) i wyposażył świątynię. Mocą zawartego ze Stolicą Apostolską konkordatu wschowskiego w 1737 roku królowie Polski mieli prawo mianować tutaj opatów komendatoryjnychHistoria Kościoła w Polsce, t. 1, cz. 2, Poznań-Warszawa 1974, s. 431.. Kolejny pożar zniszczył opactwo w 1722. Ponowną odbudowę opactwa zakończono w XVIII wieku nadając mu styl barokowy. Wiek ten był niestety ostatnim okresem rozwoju pięknie odnowionego opactwa. Po II rozbiorze Polski tereny opactwa weszły w skład zaboru pruskiego, a jego władze skonfiskowały większość dóbr paradyskich. Ostatecznie zlikwidowano opactwo w 1834. Po sześciuset latach zakonnicy opuścili klasztor i nigdy już do niego nie powrócili.